Les forêts du Parc national abritent une flore de sous-bois typique des soles calcaires.

Parmi les plus de 1700 espèces de plantes inventoriées, certaines sont exceptionnelles comme le Sabot de Vénus (la plus grande orchidée d'Europe), le Lys martagon, (espèces montagnarde) ou la Ligulaire de Sibérie (espèce relique de l'époque glaciaire).